河源市兆华农业发展有限公司——公司全资子公司，目前为广东省重点农业龙头企业，主要从事种子及大米加工，种子批发，农业技术开发、研究、咨询及推广服务。

       广东万绿智慧农业科技有限公司——公司出资650万元与广东万绿湖农业投资有限公司（350万元）共同成立，主要从事智慧农业管理、农业机械化服务，农产品的生产、销售、加工、运输、贮藏及其相关服务。

       广东兆华航天育种创新研究院——公司作为举办者提供开办资金300万、国家植物航天育种工程技术研究中心提供科研支撑，双方按照“共建、共治、共享”原则建立。目前为省民政厅注册的唯一一家种业民办非企。研究院聚焦现代种业关键问题，以航天育种为主要技术手段，通过技术创新、种质创新、品种培育等为现代种业发展提供技术支撑，提升公司科技创新能力。

       广东兆华种业有限公司五华分公司——公司的派出机构，服务于梅州五华地区，作为实施主体参与了五华县现代粮食产业示范区、五华县丝苗米产业园建设。

       广东兆华种业有限公司东源县分公司——公司的派出机构，服务于河源东源地区。